Secara struktural Pusat Penelitian Limnologi berada di dalam organisasi besar LIPI (Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia) di bawah Kedeputian Ilmu Pengetahuan Kebumian (Deputi IPK), dan merupakan Satuan Kerja yang dikepalai oleh pejabat setingkat Eselon II. Saat ini LIPI merupakan lembaga pemerintah non departemen yang menginduk ke Kementrian Riset, Teknologi dan Pendidikan Tinggi.
Berikut ini gambar struktur organisasi LIPI dan Pusat Penelitian Limnologi.
Untuk saat ini pejabat struktural di Pusat Penelitian Limnologi adalah sebagai berikut :
Kepala Puslit Limnologi
| : Dr. Fauzan Ali, M.Si.
|
Kepala Bidang Tata Usaha | : Drs. Gunawan, M.Si. |
Kepala Sub Bagian Kepegawaian | : Ikut Tri Handoyo, S.Kom. |
Kepala Sub Bagian Sarana dan Umum | : Ir. Ika Atman Satya
|
Kepala Sub Bagian Keuangan | : Ester Rosita, S.E. |
Kepala Bidang Diseminasi dan Pengelolaan Hasil Penelitian | : Hendro Wibowo, S.Si., M.Si. |
Kepala Sub Bidang Diseminasi dan Kerjasama | : Helmi Pratomo, S.Sos. |
Kepala Sub Bidang Pengelolaan Hasil Penelitian | : Dini Daruati, S.Si., M.Si. |
Ketua Kelompok Penelitian | : Prof. Dr. Gadis Sri Haryani |
Ketua Kelompok Penelitian | : Dr. Chynthia Henny Azis |
Ketua Kelompok Penelitian | : Drs. Tjandra Chrismadha, M.Sc. |
Ketua Kelompok Penelitian | : Drs. M. Fakhrudin, M.Si. |