Pusat Penelitian dan Pengembangan (Puslitbang) Limnologi, merupakan pusat riset yang dilahirkan pada tanggal 13 Januari, 1987. Puslitbang ini merupakan restrukturisasi dari institusi yang lebih besar, yaitu Lembaga Biologi Nasional (LBN). Sebagai pertimbangan dan pemikiran didirikannya institusi ini adalah kepentingan dan kebutuhan akan penelitian di bidang ilmu pengetahuan alam di Indonesia dinilai makin penting, khususnya yang mengkaji tentang interaksi antara faktor-faktor: fisika, kimia, biologis, hidrologi, dan geologi pada ekosistem perairan darat. Selain itu juga didorong oleh tuntutan kesetaraan antara penelitian yang menangani masalah kelautan dan perairan darat. Kajian-kajian tentang ekosistem perairan darat ini tidak akan dapat tertangani oleh satu lembaga yang hanya mengurusi bidang ilmu pengetahuan biologi dan dibutuhkan bidang keahlian lainnya termasuk fisika, kimia, hidrologi, dan geologi.
Pada saat itu melalui SK Presiden No.1 tahun 1986, lahirlah Pusat Penelitian dan Pengembangan Limnologi (Puslitbang Limnologi LIPI), yang yang berada di bawah Kedeputian Bidang Ilmu Pengetahuan Alam (IPA). Tugas pokok dan fungsinya adalah menyelenggarakan kegiatan penelitian dan pengembangan, peningkatan kemampuan masyarakat ilmiah, memberikan pelayanan jasa dan memasyarakatkan iptek di bidang limnologi (perairan darat) di Indonesia. Puslitbang Limnologi merupakan Satuan Kerja setingkat Eselon II yang mempunyai dua bidang setingkat Eselon III, yaitu Bidang Biologi Perairan dan Bidang Dinamika Perairan, dan Bagian Tata Usaha, yang terdiri dari Sub Bagian Keuangan dan Sub Bagian Kepegawaian.
Kesadaran akan pentingnya dukungan hasil-hasil kajian atau penelitian tentang perairan darat juga mulai dirasakan oleh Kementerian dan Lembaga terkait yang mempunyai kewenangan dalam pengelolaan perairan darat. Hal ini dilandasi oleh karena kondisi lingkungan perairan yang dirasakan semakin mengalami degradasi, baik kualitas maupun kuantitasnya dan mempunyai kompleksitas yang tinggi dalam pengelolaannya. Disisi lain kebutuhan akan sumberdaya air bagi pembangunan bangsa dirasakan semakin penting. Selain itu juga terkait dengan eksistensi Indonesia dalam kancah percaturan tingkat dunia, dimana saat itu UNESCO telah membentuk lembaga khusus yang menangani masalah perairan yaitu International Hidrology Programme (IHP). Sejak tahun 1975 sampai dengan 1995 telah dibentuk Panitia Koordinasi Penelitian Masalah Air (PKPMA) sebagai focal point Unesco Bidang IHP. LIPI ditunjuk sebagai Sekretariat Nasionalnya. Salah satu tugasnya adalah membina, mendorong dan mengkoordinasikan kegiatan penelitian mengenai masalah air yang dilakukan oleh berbagai instansi di Indonesia. Sehingga diharapkan institusi ini dapat berperan aktif untuk mewakili Indonesia dalam percaturan tingkat dunia.Kajian yang dilakukan lebih mengarah kepada tinjauan perairan darat dari sudut pandang ekosistem. Pengertian perairan darat disini adalah semua bentuk genangan air di permukaan bumi ke arah darat mulai dari garis pasang surut terendah sampai kepada danau vulkanik yang berada di pegunungan, baik berair payau atau tawar seperti : sungai, rawa, danau, situ, lahan basah, reservoir, genangan, embung, dan bendungan. Seiring waktu berjalan, Puslitbang Limnologi, melalui Keputusan Presiden No.178 tahun 2000 dan Surat Keputusan Kepala LIPI No. 1151/M/2001 mengalami perubahan nama menjadi Pusat Penelitian Limnologi, yang berada di bawah Kedeputian Bidang Ilmu Pengetahuan Kebumian (IPK) dengan empat kelompok penelitian, yaitu: Kajian Potensi dan Konservasi Sumber daya perairan Darat, Pengendalian Penceramaran Perairan Darat, Rekayasa Sumber daya perairan Darat, dan Mitigasi Bencana Lingkungan Perairan Darat.
Berikut ini adalah foto-foto penjabat Kepala Pusat Penelitian Limnologi sejak berdirinya sampai sekarang.